基于转录组数据揭示4种兜兰的全基因组复制历史

	基于转录组数据揭示4种兜兰的全基因组复制历史
	王蒙 ; 王婷 ; 夏增强 ; 李廷章 ; 金效华; 严岳鸿 ; 陈建兵
	2021
发表期刊	植物学报
ISSN	1674-3466
卷号	56 期号:06 页码:699-714
摘要	多倍化或全基因组复制(WGD)是物种多样性发生的重要驱动力。目前,在蕨类、菊科以及豆科等类群丰富的植物中已多次报道全基因组复制事件,而兰科(Orchidaceae)全基因组复制事件报道极少,与其丰富的物种多样性存在矛盾,推测与前期样本量小但类群跨度大的研究策略有关。选取染色体数目变异丰富且多样性较高的兜兰属(Paphiopedilum)为兰科植物代表类群,基于共享数据库中4种兜兰的转录组数据,采用同义替换率(Ks)、系统发生基因组学以及相对定年的方法分析兜兰属植物是否发生过全基因组复制事件。结果表明,在4种兜兰中均检测到3次全基因组复制事件,分别发生在110.17–119.77 Mya (WGD1)、60.95–74.19 Mya (WGD2)和38.19–45.85 Mya (WGD3)。其中, WGD3为新检测到的全基因组复制事件,推测其发生在杓兰亚科(Cypripedioideae)与姐妹类群分化后,兜兰属与姐妹类群分化之前。此外,3次全基因组复制事件发生后优先保留的基因拷贝在功能上多与当时的环境胁迫响应相关,推测全基因组复制提高了兜兰属植物祖先对当时极端环境变化的适应性。
关键词	多倍化兰科杓兰亚科适应性演化同义替换率
语种	中文
资助机构	中央林业改革发展资金(粤财资环[2019]5号)
文献类型	期刊论文
条目标识符	http://ir.ibcas.ac.cn/handle/2S10CLM1/22615
专题	系统与进化植物学国家重点实验室
作者单位	1.深圳市兰科植物保护研究中心兰科植物保护与利用国家林业和草原局重点实验室 2.西南林业大学生物多样性保护学院 3.中国科学院分子植物科学卓越创新中心 4.中国科学院植物研究所系统与进化植物学国家重点实验室
推荐引用方式 GB/T 7714	王蒙,王婷,夏增强,等. 基于转录组数据揭示4种兜兰的全基因组复制历史[J]. 植物学报,2021,56(06):699-714.
APA	王蒙.,王婷.,夏增强.,李廷章.,金效华.,...&陈建兵.(2021).基于转录组数据揭示4种兜兰的全基因组复制历史.植物学报,56(06),699-714.
MLA	王蒙,et al."基于转录组数据揭示4种兜兰的全基因组复制历史".植物学报 56.06(2021):699-714.

条目包含的文件
文件名称/大小	文献类型	版本类型	开放类型	使用许可
基于转录组数据揭示4种兜兰的全基因组复制（1540KB）	期刊论文	出版稿	开放获取	CC BY-NC-SA	浏览请求全文